Исследователи разработали новое программное обеспечение для разгадки родословной рака

 

Может ли знание того, откуда родом ваши предки, стать ключом к лучшему лечению рака? Возможно, но где этот ключ будет находиться? Как мы можем проследить предковые корни рака до современных решений? Исследовательский профессор Лаборатории Колд Спринг Харбор (CSHL) Александр Красниц считает, что ответы могут лежать глубоко в обширных базах данных и архивах больниц, содержащих сотни тысяч образцов опухолей.

 

Красниц и постдокторский научный сотрудник CSHL Паскаль Белло работают над выявлением генеалогических связей между раком и расовой или этнической принадлежностью. Они разработали новое программное обеспечение, которое позволяет точно определять континентальное происхождение по ДНК и РНК опухоли. Их последнее исследование опубликовано в журнале Cancer Research, и их работа может помочь врачам разработать новые стратегии раннего выявления рака и персонализированного лечения.

"Почему люди разных рас и этнических групп болеют разными видами рака с разной частотой? У них разные привычки, условия жизни, воздействие - всевозможные социальные и экологические факторы. Но может быть и генетический компонент", - говорит Красниц.

Команда Краснитца обучила свои программные инструменты, используя гибридные профили ДНК. Они создали эти профили на основе геномов раковых больных и неродственных геномов без рака с известным фоном. Затем они протестировали работу программного обеспечения на образцах рака поджелудочной железы, яичников, молочной железы и крови пациентов с известной родословной. Команда обнаружила, что программа сопоставила их гибридные профили с континентальными популяциями с точностью более 95%.

"У нас есть хорошая модель, на которую можно опираться", - говорит Красниц. "Но очень мало людей происходят от одного предка. Мы все в той или иной степени смешанные. Поэтому сейчас мы работаем над тем, чтобы заглянуть глубже, проверить образцы опухолей неизвестного происхождения, выявить смешение предков и добиться большей региональной специфичности". Насколько конкретной? Пока что думайте о Западной Африке, а не о Восточной.

Красниц и Беллоу недавно присоединились к исследованию колоректального рака в сотрудничестве с Northwell Health и SUNY Downstate Medical Center. Это исследование позволяет им изучить, как колоректальный рак по-разному мутирует гены в зависимости от конкретной расы или этнической принадлежности. Они надеются и дальше совершенствовать свое программное обеспечение, чтобы делать выводы о происхождении не только целых геномов, но и каждой отдельной последовательности в них.

"Если мы сможем определить более локализованные предки, которые подвержены различным видам рака или другим агрессивным заболеваниям, это поможет нам точно определить конкретную часть генома и направить ее на лечение", - говорит Белло.

В настоящее время простой мазок ДНК может сказать вам, откуда вы родом и какие болезни вы можете унаследовать. В будущем он может дать вам возможность победить их".

Категория: Наука и Техника | Добавил: fantast (28.12.2022)
Просмотров: 18 | Рейтинг: 0.0/0